Kelurahan Kotabaru Kecamatan Pontianak Selatan terbentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pontianak Nomor 11 Tahun 2006 tentang Pembentukan Kelurahan Kota Baru, Kelurahan Akcaya, Kelurahan Bansir Laut, Kelurahan Bansir Darat, Kelurahan Bangka Belitung Laut dan Kelurahan Bangka Belitung Darat serta Kecamatan Pontianak Tenggara yang ditetapkan pada tanggal 25 November 2006.
Secara administratif, Kelurahan Kotabaru Kecamatan Pontianak Selatan berbatasan dengan:
a. Sebelah Utara berbatasan dengan Kelurahan Sungai Bangkong Kecamatan Pontianak Kota;
b. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kelurahan Parit Tokaya Kecamatan Pontianak Selatan;
c. Sebelah Barat berbatasan dengan Desa Pal Sembilan Kabupaten Kubu Raya; dan
d. Sebelah Timur berbatasan dengan Kelurahan Akcaya Kecamatan Pontianak Selatan.
